המועדון הוקם 1926 והגיע לשיאו בשנת 1973 עם גביע מדינה ומקום שלישי בליגה הראשונה.
בשנת 2007 הוקם מועדון הכדורגל הפועל קטמון ירושלים ע"י מועדון האוהדים של הפועל ירושלים והפך למועדון הכדורגל הראשון בישראל הנמצא בבעלות אוהדיו.
הפועל קטמון ירושלים והפועל ירושלים במשך 12 עונות התקיימו במקביל עד שב2019 פורקה קבוצת הפועל ירושלים המקורית, ב2020 רכשה הפועל קטמון ירושלים את הזכויות לשם הפועל ירושלים ומאז הפכה להפועל ירושלים.
תארים:
גביע המדינה (
1) - 1973